Gdańsk nosił dwa srebrne krzyże w polu czerwonym jako godło do połowy XV wieku; w tej postaci znalazły się na chorągwi Głównego Miasta zdobytej pod Grunwaldem. Elbląskie krzyże w układzie zbliżonym do dzisiejszego pojawiły się na pieczęci z 1357 roku, a od 1377 roku ujęto je w tarczę. Dziś elbląska tarcza jest dzielona w pas: w polu górnym srebrnym krzyż czerwony, w dolnym czerwonym krzyż srebrny na złotym deseniu.
Pochodzenie krzyży wywodzi się przede wszystkim ze zwierzchności zakonu krzyżackiego, choć część badaczy tłumaczy je przynależnością do Hanzy albo formą krzyża joannickiego. Objaśnia się też, że Gdańsk dostał dwa krzyże dla odróżnienia od jednokrzyżowego godła Nowego Miasta Elbląga — miasta, które Stare Miasto wchłonęło w 1478 roku.
Barwy nie są zakonne. Czerń i srebro to znak zakonu; czerwień i biel to barwy Hanzy, do której Gdańsk należał, a które Elbląg przejął od Lubeki, skąd przyszli pierwsi osadnicy i której prawo miasto przyjęło w 1246 roku. Z polskimi barwami narodowymi nie mają związku — te ukształtowały się dopiero w XIX wieku. Deseń w dolnym polu Elbląga czyta się jako sieć rybacką, jako kratę bramną Bramy Targowej albo jako średniowieczny raster oddający barwę, z czasem przerysowany na sieć.